Bei der DR wurden Diesel- und Kleinloks in einer Rubrik zusammengefasst und erhielten die "1" als Hunderterstelle der Baureihenbezeichnung. Bei der DB erhielten die Kleinloks mit der "3" eine eigene Rubrik, während die "großen" Dieselloks eine "2" als führende Stelle bekamen.
Die Umzeichnung betraf auch die zum jeweiligen Zeitpunkt noch im Bestand befindlichen Schmalspurkleinloks.
Bei der DB wurden offiziell zum 01.01.1968 die drei vorher als Köf 99501-99503 bezeichneten Maschinen in die neue Baureihe 329 umgezeichnet – die Liste ist links im Menü abrufbereit.
Die DR zeichnete etwas später zum 01.06.1970 noch vier Kleinloks, allesamt der Leistungsgruppe II, in die Baureihe 100.9 mit den Nummern 100 901-904 um. Das Bezeichnungssystem erwies sich auf Grund der hohen Verwechslungsgefahr mit den Normalspurloks 100 910 ff. als recht wenig praktikabel. 1973 wurde daher die neue Baureihenbezeichnung 199 eingeführt, die bis 1992 pauschal für alle Schmalspurdieselloks mit Verbrennungsmotor verwendet wurde - auch für solche wie die zuvor als 103 901 (ex V 30 001) bezeichnete Diesellok, die nicht unbedingt mehr als typische Kleinlok zu bezeichnen wäre.
Sowohl bei DB als auch DR wuchs der Bestand an Schmalspurkleinloks aus verschiedenen Gründen ab 1970/71 wieder an. Die Maschinen wurden, unabhängig von Bauartunterschieden, im Anschluss an die bestehenden Betriebsnummern angefügt. Die Liste aller Loks mit 199- und 329-Betriebsnummern lässt sich über die Listen links im Menü nachvollziehen.
Im Vorfeld der Zusammenführung der beiden deutschen Staatsbahnen zur Deutsche Bahn AG (zum 1. Januar 1994) wurden sowohl bei DB als auch DR ab Oktober 1991 sämtliche Nummern der Schmalspurkleinloks vereinheitlicht und unter der neuen Baureihenbezeichnung 399 zusammen gefasst. Dabei wurden folgende Nummerngruppen eingeführt.
399 601 ff.
399 701 ff.
- Spurweite 600 mm
- Spurweite 750 mm
Die Nummernreihe 399.1 wurde dabei noch weiter unterteilt:
399 110-116
399 130
- ex DR (Halle, Harz)
- ex DR 199 301
Die neuen Nummern nach diesem System bekamen jedoch nur noch die Wangerooger Loks sowie 399 703 auf Rügen angeschrieben, da die übrigen Loks aufgrund von Streckenstillegungen und Regionalisierungen nur noch kurz im Bestand zu der DR bzw. DB AG zu finden waren. Ab 1996 befanden sich nur noch die Wangerooger Loks im offiziellen DB AG-Einsatzbestand.
Zwischen 1992 und 1999 wurden vier weitere Dieselloks von FAUR und Schöma auf Wangerooge in Dienst gestellt (399 105-108), die die älteren Maschinen ersetzten.